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Matthias Kirschner a fait ses études de médecine et a obtenu sa thèse à l’Université de Münster, en Allemagne. Il a ensuite suivi une spécialisation en psychiatrie et psychothérapie à Zurich (FMH) et a mené des recherches au sein du groupe du Pr Stefan Kaiser. De 2018 à 2020, il a effectué un postdoctorat financé par le FNS à l’Institut neurologique de Montréal (McGill). En 2021, il a obtenu son habilitation à Zurich et a fondé son propre groupe de recherche en 2020 ().

Depuis 2022, il est responsable de la plateforme de recherche et d'enseignement ainsi que de l'unité biomarqueurs au Département de psychiatrie des HUG, où il poursuit ses recherches en tant qu’investigateur principal indépendant avec un projet en cours financé par le FNS. Son travail se concentre sur l’imagerie multimodale du cerveau dans la psychose et les troubles apparentés.